นายพลเรือยามาโมโต้ที่อยู่บนหมู่เกาะทรัคก็ได้ทราบข่าว ก็คิดว่าเหตุการณ์ยังมีหวังอยู่ แม้จะสูญเสีย เรือบรรทุกเครื่องบินขนาดใหญ่ไปถึง 4 ลำ เขาสั่งให้ กองเรือเคลื่อนที่เร็วที่ 2 ภายใต้การบัญชาของ นายพลเรือคอนโดไปพบกับ กองกำลังหลัก ทางตะวันออกเฉียงเหนือของ มิดเวย์ แต่ปัญหาด้านการสื่อสารทำให้ มีเพียงเรือประจัญบาน 2 ลำ ของ คอนโด เท่านั้นที่เข้ามาสมทบกับกำลังหลักเ
ช้าตรู่วันที่ 5 มิถุนายน ยามาโมโต้สั่งถอนการยกพลขึ้นบก และสั่งให้กำลังทางเหนือระวังการโจมตี หมู่เกาะอาลิวเชียน เมื่อสังเกตุเห็นว่าญุ่ปุ่นเริ่มถอย สหรัฐรุกไล่ทันที แต่ ด้วยรายงานการพบเห็นที่ไม่แน่ชัด ทำให้ไม่สามารถทำลายกองเรือญุ่ป่นได้ ผู้บัญชาการของสหรัฐ รู้สึกเสียดายมาก ยุทธนาวีที่มิดเวย์ มีความสำคัญมาก แม้ว่าจะไม่แพ้สงคราม แต่ญุ่ปุ่นก็ทำให้กองเรือญี่ปุ่นเสียหายอย่างรุนแรง และมีข่าวลือกันว่า สหรัฐจะบุกดินแดนญี่ปุ่น การสูญเสียเรือบรรทุกเครื่องบินก็เสียหายมากพออยู่แล้ว โดยเสียเครื่องบินประมาณ 260 เครื่อง และลูกเรือร้อยละ 45
ฝ่ายสหรัฐประสบชัยชนะในด้านยุทธศาสตร์ แม้จะเสียเรือ เล็กซิงตัน ไปในการรบที่ทะเลคอรัล และ เรือยอร์คทาวน์ ที่มิดเวย์ นับว่าสูญเสียอยู่มาก แต่เรือชั้น เอสเสค กำลังจะเสร็จอยู่แล้วจึงไม่ต้องกังวลเท่าไหร่ หลังจากยุทธนาวีที่ มิดเวย์
